VetBact

Principen för MALDI-TOF

Mass­pektro­metri baserad på MALDI-TOF (eller bara Maldi) innebär att bakterie isolatet, som ska analyseras, adsorberas till någon typ av bärarmaterial (matrix). Sedan bestrålas isolatet med laserUV­ljus, vilket innebär att mole­kyler­na i bakterien slås sönder till positivt laddade fragment (jonisering), som slungas iväg mot en detektor. Tiden det tar för fragmentet att nå detektorn (time of flight) mäts. Tiden är beroende av fragmentets storlek och laddning. Även mycket stora molekyler (proteiner och nukleinsyra) kan fragmenteras och joniseras på detta sätt. Stora molekyler ger upphov till många fragment och ett karakteristiskt masspektrum, som kan användas för identifiering.

Användning av MALDI-­TOF MS för identifiering av bakterier

Man kan utföra dessa analyser direkt på bakteriekolonier och det erhållna masspektrumet jämförs sedan med lagrade masspektra (referensbibliotek) av kända bakteriearter. Man har alltså ett analyssvar inom någon minut och metoden anses vara mycket tillförlitlig. Ju fler kända bakterier man kan jämföra sina masspektra med, desto säkrare kommer metoden att bli.

MALDI-TOF MS används redan på vissa laboratorier för veterinärmedicinsk bakteriologi och många forskare anser att denna teknik kommer att vara framtidens rutinmetod för identifiering av bakterier. Instrumentet är fortfarande mycket dyrt, men materialkostnader blir låga.

Poängvärde (Scorevärde)

Mjukvaran till Maldi-systemet innehåller en databas med information om vilka fragment man kan tänkas få från en viss bakterie. Denna information kan sedan systemet använda för att jämföra med okända prover och räkna ut ett poängvärde för varje prov. Poängvärdet är ett mått på sannolikheten för att ett visst prov ska representera en viss bakterieart/stam. Ett poängvärde mellan 0,000 och 1,699 innebär att identifiering inte är möjlig eftersom masspektrat inte matchar till någon bakterie i referensbiblioteket. Ett poängvärde mellan 1,700 och 1,999 betyder att det är troligt att det okända isolatet representerar ett visst släkte men resultatet är inte tillförlitligt på species nivå. Ett poängvärde mellan 2,000 och 3,000 innebär att identifiering av bakterien är med stor sannolikt korrekt på såväl genus som species nivå.

Uppdaterad: 2024-03-28.